Il 2006 rappresenta per Stefano una novità assoluta: per la prima volta in carriera, d'accordo con il Team, decide non correre il Giro d'Italia, una cosa che a fine stagione pero' gli mancherà molto, e questo per preparare le Classiche. Per questo, Garzo si affida alle tabelle di Callari, preparatore di lunga data di Di Luca e, insieme al Campione abruzzese, va per 3 settimane a lavorare in altura a Città del Messico. Al rientro la condizione è già piu' che buona e l'esordio alla Milano Torino porta ad un 6°posto in volata. Alla Tirreno Adriatico, Stefano pero' manca un po' di brillantezza, dovuto anche all'enorme lavoro svolto nelle settimane precedenti, ma la mente è rivolta a San Remo. il Mondiale di Primavera, ha sempre dato buone soddisfazioni a Stefano, con un 4° posto nel 1999 ed un 7° nel 2000, ma quest'anno l'obbiettivo è fare ancora meglio e, per questo, Garzo attacca sulla Cipressa: la sua è un'ottima azione, ma nessuno lo segue e in cima viene ripreso dall'azione perseverante della Quick Step, la quale punta al bis di Boonen. Invece, con un'azione da manuale, vince Pozzato, il quale è l'unico superstite della fuga nata sul Poggio: per Stefano un 6° posto ancora in volata. La stagione prosegue e il nostro Campione accumula piazzamenti ma la vittoria non arriva e, quando ci si aspetta il salto di qualità della condizione, ovvero verso la metà di aprile, in occasione del Giro dei Paesi Baschi e della campagna delle Ardenne, con il Trittico Amstel Gold Race, Freccia Vallone e Liegi bastogne Liegi, piu' di un avversario va piu' forte di lui e cosi arrivano solo altri piazzamenti. Stefano chiude la stagione con Francoforte, la piu' prestigiosa delle classiche tedesche, e qui arriva quello che non ti aspetti: sul traguardo posto in cima ad uno strappo di 1 km al 4%, Stefano tira fuori tutto quello che è rimasto nel serbatoio e in volata precede a braccia alzare Ciolek, emergente velocista tedesco, Hondo e Zabel: una bella soddisfazione, a testimonianza del fatto che la condizione è arrivata grazie al grande lavoro svolto, anche se con 15 giorni di ritardo. La tentazione di correre il Giro d'Italia è alta, ma il rispetto per l'armonia della squadra ancora di piu' e cosi Stefano decide di guardare la corsa rosa in tv. In quei giorni è anche ospite di +39, l'equipaggio italiano che sta preparando la Coppa America a Valencia, e cosi Stefano approfitta del momento di pausa per partecipare anche ad una regata, in qualità di 17°uomo dell'equipaggio: verrà definita un'esperienza indimenticabile.

La seconda parte di stagione prevede la partecipazione al Tour de France - non per guardare la classifica, ma solo per puntare ad una tappa ed uscire al meglio dalla corsa francese per affrontare bene il finale di stagione - e comincia come era finita la prima parte, ovvero, con una vittoria nella 4° tappa del Giro di Lussemburgo, su un arrivo posto in cima ad uno strappo al 12%: altra volata di potenza e seconda vittoria dell'anno. Si arriva poi al Tour de France, passando per il Campionato Italiano, dove Stefano conquista un 5° posto che sarebbe potuto essere molto di piu' se non ci fosse stata un'incomprensione con Di Luca in volata, e qui avviene una nuova fase drammatica per il ciclismo, con alcuni dei favoriti per la vittoria finale, tra cui Ullrich, Basso e Mancebo, mandati a casa dal codice etico applicato dalle squadre del Pro Tour, per il presunto coinvolgimento nell'Operacion Puerto, operazione avvenuta in Spagna e che ha portato all'arresto di Manolo Sainz, storico Team Manager prima della Once ed ora della Liberty Seguros, e del dott Fuentes, nei cui studi sono stati trovati un'infinità di prodotti e macchinari vietati. Al Tour il nostro Campione trova una buona condizione solo nell'ultima settimana, in quanto corre tutta la prima parte della corsa condizionato da un grosso taglio al soprasella e da qualche giorno  di febbre e, quindi, la soddisfazione maggiore se la toglie nella tappa dell'Alpe d'Huez, nella quale prima se ne va tutto solo sull'Izoard e, una volta ripreso in discesa, raccoglie un 3° posto sul traguardo piu' prestigioso della corsa francese. Nel frattempo continuano le trattative per rinnovare il contratto in casa Liquigas ma, al tempo stesso, si fanno avanti anche diverse altre squadre. Agosto è, anche quest'anno, il mese piu' prolifero per Stefano, con una continuità di piazzamenti impressionante: 5° al Giro del Lazio, 2° a San Sebastian, 1° alla Tre Valli Varesine e al Trofeo Melinda, e altre corse nelle quali è il protagonista assoluto. Nel frattempo, tra le tante offerte giunte, quella che è stata valutata come la piu' appetibile sia sportivamente che economicamente è quella che porta il nome dell'Acqua & Sapone, il cui Team Manager Palmiro Masciarelli trasmette a Stefano il proprio desiderio di averlo quale Capitano per il 2007 ed il 2008. Un ruolo importante in questa vicenda lo ha avuto anche la famiglia De Rosa, fornitrice delle biciclette al Team abruzzese, con i cui famigliari, da Ugo a Cristiano, Stefano ha da sempre avuto un rapporto speciale. Cosi, il giorno dopo l'affermazione al Trofeo Melinda, il nostro Campione appone la propria firma sul contratto, prolungando cosi di almeno altri due anni la propria carriera. Il 2006 ha dato a Stefano una continuità di risultati e di buone prestazioni che non aveva mai avuto in passato, questo sia per il lavoro svolto in gennaio in altura ma, probabilmente, anche a seguito del passare degli anni: un atleta piu' avanza con l'età piu' ha difficoltà a trovare la forma ma, al tempo stesso, proprio per questo, la mantiene per un periodo piu' lungo. Comunque, nonostante le tante soddisfazioni, il 2006 ha portato anche una grande delusione: la mancata convocazione ai Mondiali di Salisburgo, piu' che meritata vista la continuità di risultati ottenuti. La vittoria di Bettini ha poi sopito i malumori, espressi apertamente da piu' di una persona: peccato, perchè Stefano, ad oggi, deve ancora rimediare alla figuraccia fatta nel 2004 quando l'emozione per la prima convocazione Azzurra della sua carriera gli gioco' davvero un brutto scherzo, facendogli correre la peggior gara della sua vita.