Il 2005 ha visto la nascita del Pro Tour, il nuovo circuito Mondiale al quale le migliori 20 squadre per organico e mezzi finanziari, in possesso della licenza, partecipano per diritto alle corse piu' importanti del calendario. Con questo nuovo sistema i corridori si sono trovati di fronte ad una scelta e chi ha potuto ha optato, non sapendo cosa sarebbe successo in caso contrario, per una squadra Pro Tour: Stefano ha scelto la Liquigas Bianchi, seguendo il Team Manager Roberto Amadio dalla Vini Caldirola. La neonata formazione, molto solida dal punto di vista finanziario ha ingaggiato quali capitani, oltre al nostro Campione, anche Danilo Di Luca, proveniente da una stagione deludente e, in seconda linea, Franco Pellizzotti. L'obbiettivo della squadra sono le classiche con Di Luca ed il Giro d'Italia con Stefano. Per questo Garzo prepara scrupolosamente la corsa Rosa, rinunciando a tutta la prima parte di stagione in quanto a propositi di vittoria.  Il Tour de Romandie, corso una settimana prima della partenza della corsa organizzata dalla Gazzetta dello Sport, dice che il nostro Campione è in buona forma, soprattutto a cronometro dove conquista un 3° posto nel prologo e un 5° nella cronometro finale, anche se ha avuto qualche difficoltà sulle grandi salite. Al Giro Di Luca arriva con indosso l'insegna del primato del Pro Tour, grazie ad una serie di importanti risultati per tutto  il mese di aprile,  mentre Stefano è ancora a secco di vittorie. L'inizio del Giro vede alcuni piazzamenti del nostro Campione ma, sul piu' bello, ovvero quando la gamba comincia a girare, una caduta provocata dall'asfalto viscido all'ultimo chilometro della tappa di Pistoia, compromette 6 mesi di lavoro: Stefano, dopo 5 giorni di sofferenza, deve abbandonare la corsa a seguito di un esteso ematoma che ha provocato anche un versamento di sangue nel rene destro. Riposo assoluto per 15 giorni e ripresa graduale degli allenamenti. La prima parte di stagione si conclude in modo fallimentare e cosi si cerca di rimediare da luglio in poi: per questo si decide di partecipare al Tour de France, dove pero' Garzo non sarà mai realmente competitivo, ma l'eredità che gli lascia la Grand Boucle è un'ottima forma per il finale di stagione. Agosto sarà il miglior mese del 2005 con il 6° posto al Giro del Lazio, il 4° a San Sebastian, corsa da sempre amata dal nostro Campione e, finalmente, la vittoria alla Tre Valli Varesine sul traguardo inedito di Campione d'Italia, un traguardo posto in cima ad una salita di 3 chilometri, dove Stefano ha potuto far valere le sue qualità. 10 giorni dopo arriva il secondo posto al Trofeo Melinda, ultima fiammata di una stagione non brillantissima.