Quest’anno Stefano è intenzionato più che mai a rivincere il Giro d’Italia e per questo decide di lavorare tutto l’inverno al caldo per evitare la possibilità di nuovi problemi respiratori. Il debutto avviene alla Vuelta di Maiorca, per poi proseguire con la Vuelta Valenciana e tutto il calendario spagnolo.

Arriva cosi il 21 aprile, giorno in cui Stefano disputa una delle più belle corse della sua carriera ed avviene alla Liegi Bastone Liegi, gara di Coppa del Mondo. A 60 km dal traguardo attacca sulla Cote de Vauche e porta con se un gruppetto di altri 9 uomini, tra cui Paolo Bettini, suo compagno di squadra e leader per le gare di CDM. Stefano tira su tutte le salite, sulla Redoute fa un grande numero tenendo a debita distanza gli inseguitori capeggiati da Lance Armstrong. Si arriva così alla penultima Cote la salita degli italiani: Stefano attacca deciso, quando Bettini vede che nessuno riesce a rispondere lo fa lui di persona ed il tandem della Mapei si invola tutto solo; a 300 mt dal traguardo una stretta di mano sancisce la splendida giornata, ma è volata vera e Bettini, più veloce e fresco di Stefano, ha la meglio.
Tra 3 settimane sullo stesso traguardo è posto l’arrivo della seconda tappa del Giro d’Italia e Stefano dà appuntamento a quel giorno per trasformare il secondo posto odierno in una vittoria. Ma la prima vittoria del 2002 arriva comunque in una gara prestigiosa come il GP di Camaiore dove batte in volata Figueras e un generoso Casagrande, anche lui in forma Giro d’Italia.

Comincia il Giro, è l'11 di maggio ed alla prima tappa una caduta a 1500 mt dal traguardo taglia in due il gruppo, Stefano è davanti e così non perde tempo prezioso. Il giorno successivo si arriva a Liegi e Stefano, come promesso attacca sulle ultime cote e in volata brucia Francesco Casagrande. Stefano indossa anche la maglia, strappandola a Mario Cipollini. Per 2 giorni si corre tranquilli, in attesa della prima tappa italiana, la Fossano – Limone Piemonte di 155 km, tappa breve ma intensa con il Colletto del Moro e l’arrivo a Limone Piemonte, sede posta a 1400 mt di altezza. Qui Stefano si ripete, e dopo aver fatto l’andatura sul Colletto, dove solo Casagrande e Simoni riuscivano a reggere il ritmo imposto dal nostro Campione, con una volata da cineteca si imponeva anche sul pirmo traguardo di montagna, in maglia rosa, consolidando cosi la sua leader-ship.

Era venerdi 17 maggio, un giorno che resterà per sempre vivo nella memoria di Stefano. Alla sera, sono le 21.30. il team manager della Mapei chiama Stefano ed il medico della squadra e subito si capisce che qualcosa non va; dopo 90 minuti interminabili Stefano esce dalla sala riunioni, guarda suo fratello Marco – che è anche il suo manager – e gli dice: “Smetto di correre”… è risultato non negativo al test antidoping effettuato dopo la vittoria di Liegi ad un diuretico, il Probenecid, che Stefano non ha mai assunto. La squadra cerca di capire cosa è successo e l’ipotesi piu’ accreditata è quella di un inquinamento alimentare, ipotesi avanzata anche dal perito in un secondo momento. Per Stefano, in attesa delle controanalisi, sono giorni molto duri, alternati dalla voglia di tornare subito a casa, a quella di una fievole speranza, anche grazie al sostegno dei tifosi e dei compagni di squadra oltre che della dirigenza tutta. Martedì 21 maggio alle ore 19.55 il verdetto definitivo che conferma la positività: 20 nanogrammi (ovvero 20 milionesimi di milligrammo) sono stati riscontrati e la quantità cosi esigua, che non avrebbe potuto nascondere assolutamente nulla, bastano per far abbandonare a Stefano l’85 Giro d’Italia.

Durante il processo, nonostante sia stata dimostrata la non volontarietà dell’assunzione, Stefano è stato condannato ad una squalifica di 11 mesi esclusivamente per responsabilità oggettiva: “Accetto la sentenza” - ha commentato Stefano – “ma ritornero’ piu forte di prima”… e quel giorno è arrivato: oggi, 23 aprile 2003.