L'obiettivo di Stefano è riconfemarsi al Giro d'Italia e cercare di vincere qualche corsa; inizio di stagione sempre positivo con vari piazzamenti ma, a pochi giorni dall'inizio del Giro, un attacco influenzale lo debilita e così parte per la corsa rosa con una condizione molto approssimativa; dopo i primi 15 giorni la condizione comincia a migliorare, arrivano i tapponi dolomitici, dopo la cronometro di Trieste dominata da Zulle, e Pantani mette la maglia nell'arrivo di Selva Gardena con Guerini vincitore di tappa e Stefano 8°. Nell'ultima tappa di montagna, con arrivo a Montecampione, Stefano cade nella discesa del Crocedomini riportando un profondo taglio al mento e andando definitivamente fuori classifica: però la condizione è buona e tra 10 giorni comincia il Giro di Svizzera. La sera dei festeggiamenti per la vittoria di Pantani nella corsa rosa, Martinelli disse a Stefano che, secondo lui, poteva correre per vincerlo quel Giro di Svizzera anche se la concorrenza era agguerrita; infatti tra i partecipanti c'erano Ullrich, Jalabert, Casagrande, Riis etc. In quell'edizione del Tour de Suisse, Stefano non uscì praticamente mai dai primi 10 di tappa, arrivando 4° nel primo arrivo in salita, 3° in volata a Varese e vincendo i 2 tapponi alpini con arrivo a Lenzeraide: domenica 22 giugno indossa per la prima volta nella sua carriera la maglia di leader in una corsa a tappe e la porterà fino a Berna, traguardo finale; vince, inoltre, la classifica a punti e la combinata: un giro dominato.